Kao i u većem dijelu Dalmacije na otoku Molatu pa tako i u Zapuntelu prevladava krški reljef, Po postanku i građi otok je dio susjednog dinarskog kopna (nepotopljeni dijelovi reljefnih uzvišenja). Molat je izduženi i pruža se paralelno s obalom i planinskim nizom u zaleđu, u smjeru sjeverozapad - jugoistok (tzv. dalmatinski tip obale).

U reljefu otoka ističu se vapnenačka uzvišenja i niži dijelovi, udubljenja, građena od manje propusnih dolomita. Tako da u Zapuntelu imamo vrlo plodno i bogato zapuntelsko polje. Polje je okruženo brdima što

je stoljećima omogućavalo stanovnicima da se bave poloprivredom i stočarstvom. U Zapuntelu prevladavaju tla koja su se razvila pod prevladavajućim utjecajem litološkog sastava podloge. najpoznatija je crvenica (terra rossa), nastala kao rezultat otapanja karbonatne osnove, vapnenaca i dolomita.¸Štoviše U priobalnim dijelovima nalazimo smeđa tla, odnosno nerazvijena tla.
Na cijelom otoku, proteže se eumediteransko područje zimzelene vegetacije (hrast crnika, alepski bor, dalmatinski crni bor). U samom Zapuntelu najčešća je Hrast Crnika, međutim udio smrdele, planike nije zanemariv.
Prisutni su razni degradacijski vegetacijski stadiji, kao rezultat ranog doseljavanja i tisućljetnog iskorištavanja ograničenih gospodarskih potencijala krške

prirodne osnove:

• makija- teško prohodne, guste i visoke šikare
• garig - niske i svijetle šikare
• kamenjar - obrasao niskim polugrmovima i zeljastim biljkama.