Kao i  u većem dijelu Dalmacije na otoku Molatu pa tako i u Zapuntelu  klima je sredozemna (mediteranska), odnosno submediteranska s pripadajućom vegetacijom. Istu obilježavaju topla, suha ljeta i blage, kišovite zime. Tipični vjetrovi su bura i jugo. Često puše i levant, neugodan, hladan vjetar istočnjak, a za ljeto su karakteristična etezijska strujanja na obali (maestral), koja ublažavaju ljetne sparine.